【翻译】如何选择密度泛函
前言
在进行密度泛函理论(DFT)计算时,最重要的一步之一就是选择合适的泛函(functional)。如果选错了,计算结果可能会毫无意义。
很多人可能只知道 B3LYP,但实际上 Gaussian 软件中除了 B3LYP 外,还实现了 72 种不同的泛函。
如果您想查看完整的泛函列表,请参考以下链接的泛函数据库:
对于低分子有机化合物的反应,使用 B3LYP/6-31G(d) 作为第一选择是比较稳妥的。但如果希望撰写高质量的论文,还是应使用最适合的泛函进行计算。
面对如此众多的泛函,我们该以怎样的标准选择呢?本文将介绍几种选择泛函的方法。
1 遵循已有研究
通常最稳妥的做法是参照已有文献。对于从事有机化学研究的读者来说,可以查找与自己研究反应类似的计算实例,或结构相似化合物的计算报道。
在论文的 Method 部分写上一句 “this level of theory is widely used for this reaction” 并引用相应文献,通常不会被审稿人质疑。
需要注意的是,泛函的选择应依据反应类型与分子结构。
例如,如果您研究的是 Diels-Alder 反应,即使分子结构略有不同,也应优先查找关于该类反应的计算文献。
如果您只是进行结构优化或计算物性(如偶极矩、带隙等),那可以找结构类似的化合物计算报道作为参考。
2 参考基准研究(Benchmark)
美国化学会(ACS)出版的期刊 Journal of Chemical Theory and Computation (JCTC) 中,定期会刊登关于 DFT 泛函的基准论文。
所谓基准研究,是指:针对某一特定反应,使用多个泛函与基组组合进行计算,并将计算结果与实验值进行对比,汇总误差,从而评价各方法的准确性。
通过阅读这些基准研究,可以大致了解不同泛函的特性。例如:
- 某些泛函不擅长处理氢迁移反应
- 某些泛函无法准确估算氢键或弱相互作用
- 某些泛函不适用于高焓变的反应
3 与实验数据对比
自行进行小规模基准测试也是常见的做法。
例如在反应过渡态(TS)探索中,可以根据计算结果是否与实际反应性匹配来评估泛函的适用性。
假如某个反应在室温即可发生,但计算出的活化能却很高,那可能说明所用泛函不合适。
当然,这种比较的前提是您手头有准确、可量化的实验数据。
4 与晶体结构对比
如果您只做结构优化,可以考虑将计算结构与 X 射线晶体结构 进行比较。
通过比对多种泛函所得结构与晶体结构在 键角、键长 等方面的差异,可能有助于判断泛函的合理性。
但请注意:
- 气相计算结果与晶体结构不完全一致;
- 适用于结构优化的泛函,未必适用于计算反应能或物性值。
然而,仍有很多论文使用这种方式来选择泛函,即便它未必适合反应能计算。
5 与光谱数据(UV、NMR 等)对比
对于手头有实验光谱数据的体系(如光学活性化合物),可以将计算得到的 UV、NMR 光谱与实验值比较,选择误差最小的泛函。
PS: Which functional should I choose?
2008年的PDF文档:Which functional should I choose?是一份关于泛函选择的系统性指南,也可作为参考资料使用。
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原文地址
[warning]本文为日语文章的AI翻译版。原文:https://s.20140219.xyz/s/BHZpS[/warning]