【翻译】DFT计算无法正常进行时(错误信息举例)

在Gaussian中,当计算未正常结束时,总会在文件的后面部分指出计算停止的原因。

通过搜索这些错误信息,可以找到一些高级用户向初学者分享的解决方法,这些讨论通常会出现在一些讨论平台上,比如:

CCL.net是指名为Computational Chemistry List的计算化学主题的论坛(英语),该列表已成为计算化学领域研究人员和教育工作者的电子论坛。该平台主持有关计算化学各个方面的讨论,包括资源、软件和工作机会的共享。用户可以通过该平台发布文件、参与讨论并访问各种科学工具和档案。该网站还提供与计算化学有关的软件档案、数据和文件集等资源。它还提供该领域的会议和工作机会信息。

如果认真阅读这些讨论,很多问题往往能得到解决。

【翻译】当过渡态结构优化停滞时(关于 Gaussian 进行 TS 计算的几点建议)

进行过渡态(Transition State, TS)计算后你会发现,其实没想象中那么困难;不过,和基态结构相比,确实有不少棘手的地方。

我经常计算自由基体系,但也经常遇到明明想得到自由基形式的解,结果却自动收敛成离子型(闭壳层)的过渡态结构的情况,实在让人头疼。

关于这方面的经验分享资料并不多,我想逐步积累一些解决问题的技巧(以 Gaussian09 + DFT 方法为例)。

【翻译】IRC 的“最后手段”——沿虚频方向移动结构!

上篇文章介绍了更换算法或使用 GRRM 等常规解决方案,但即便如此,也可能仍无法顺利完成 IRC 计算。

这时,可以尝试一招“最后手段”:手动沿虚频方向移动结构,然后进行结构优化

只要你能理解 log 文件中的内容,沿虚振动方向移动结构其实并不难;但对于不熟悉的人来说,可能还是有些挑战。

因此,本文将介绍一种通过手动改变结构以解决 IRC 问题的方法。

【翻译】IRC 计算失败时的应对方法

在反应路径探索中,最令人沮丧的莫过于 IRC(Intrinsic Reaction Coordinate,本征反应坐标)计算失败了。
过渡态优化 opt=ts 已成功完成,也只存在一个虚频,眼看就要拿到反应能等重要信息时——
偏偏总是被 IRC 计算拖了后腿!
IRC 计算失败时,往往需要不断尝试各种方法,但这些努力并不总是会有回报……不过,还是整理了一些至少值得一试的对策。
如果您知道本文未提到的其他解决方法,欢迎在评论区分享,相信这会对大家有所帮助。

【翻译】如何选择密度泛函

前言

在进行密度泛函理论(DFT)计算时,最重要的一步之一就是选择合适的泛函(functional)。如果选错了,计算结果可能会毫无意义。

很多人可能只知道 B3LYP,但实际上 Gaussian 软件中除了 B3LYP 外,还实现了 72 种不同的泛函

如果您想查看完整的泛函列表,请参考以下链接的泛函数据库

密度泛函(DFT)数据库

对于低分子有机化合物的反应,使用 B3LYP/6-31G(d) 作为第一选择是比较稳妥的。但如果希望撰写高质量的论文,还是应使用最适合的泛函进行计算。

面对如此众多的泛函,我们该以怎样的标准选择呢?本文将介绍几种选择泛函的方法。

【翻译】B3LYP 的计算误差问题

前言

info:在sobereva博客有篇文章题为《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》可以读一读。

B3LYP 是目前广泛使用的泛函之一,但也有许多研究报告指出,在特定体系中的应用会出现误差。为了解决这些问题,已经开发出了许多替代泛函。例如,有一个名为 mPW1PW91 的泛函。

mPW1PW91 是以提高 B3LYP 的物理合理性为目标,基于 PW91 交换-相关泛函重新构建的。与 B3LYP 中 20% 的 HF(Hartree-Fock)交换混合比例不同,mPW1PW91 中这一比例为 25%

即使看完这些说明,恐怕也不会有人直接感叹“哇,mPW1PW91 太厉害了!”因为大多数人并不清楚,这种改变在实际计算中会带来多大的影响。

在实际研究中应用计算化学时,通常需要通过基准测试与实验数据进行对比,来判断某个泛函在特定体系中是否合理。本文将介绍一个关于三萜环化反应的基准测试,并以此作为 B3LYP 出现较大误差的实例。