【翻译】IRC 计算失败时的应对方法
在反应路径探索中,最令人沮丧的莫过于 IRC(Intrinsic Reaction Coordinate,本征反应坐标)计算失败了。
过渡态优化 opt=ts
已成功完成,也只存在一个虚频,眼看就要拿到反应能等重要信息时——
偏偏总是被 IRC 计算拖了后腿!
IRC 计算失败时,往往需要不断尝试各种方法,但这些努力并不总是会有回报……不过,还是整理了一些至少值得一试的对策。
如果您知道本文未提到的其他解决方法,欢迎在评论区分享,相信这会对大家有所帮助。
很多研究者或课题组可能会将这些技巧当作“秘传技术”保密,但笔者认为这只会阻碍科学进步。让我们一起开放共享吧!
1. 尝试更改 stepsize
在中间体的结构优化中,一般推荐 stepsize=30
;IRC 计算中为 stepsize=20
;过渡态结构优化中为 stepsize=10
。当 IRC 无法顺利进行时,尝试适当减小 step size 可能会有帮助。
【注意】 IRC 计算中使用 stepsize=xx
指定步长,而在结构优化(opt)中使用的是 maxstep=xx
来控制步长。
2. 使用 L115
如果不顺利,也可以尝试使用 Gaussian 的旧版本。IRC 默认使用的是 L123
,但通过 use=L115
选项,可以使用 Gaussian03 的计算协议。顺带一提,maxstep
的上限在 Gaussian03 中是 400,在 Gaussian09 中为 1000。
3. 添加 recorrect 选项
当 IRC 只推进两步就异常结束时,可以尝试加入关键词 irc=(recorrect=never)
。
IRC 每一步的推进都要通过阈值判断,只有通过后才会进入 correction 阶段。而 recorrect=never
则是跳过该阈值判断的选项(即 suppress threshold test)。另外,使用 irc=tight
或 irc=verytight
可进一步降低阈值要求。默认值为 recorrect=YES
。
4. 不使用 rcfc
如果读取过渡态结构优化所得 chk 文件信息的 rcfc
导致 IRC 计算失败,可尝试改用 calcfc
。
顺带一提,有个“都市传说”说 calcfc
不行时可以用 calcall
,但笔者从未成功过。而且 calcall
计算耗时极长。
而那些建议别人试 calcall
的人,往往自己都没用过……
(补充)文章发布后,有人反馈称自己使用 calcall
成功过。但即便如此,它的计算耗时确实非常长。
5. 更换 Gaussian 版本
众所周知,Gaussian09 中的 IRC 模块存在部分 Bug。
可以尝试使用 Gaussian03。
即使在 Gaussian09 中,不同 revision(如 g09 B.01 与 g09 D.01)之间也存在差异,建议换个 revision 试试看。
尽管原本期待 Gaussian16 能改进 IRC 功能,但实际上并无显著变化。
6. 使用 GRRM
直说了吧,Gaussian 的 IRC 功能糟透了。
与其在 Gaussian 中反复尝试,不如直接用 GRRM。笔者使用 GRRM 的 IRC 功能几乎没有失败过。
7. 更换 IRC 算法
Gaussian 支持多种 IRC 路径算法。
如果计算不顺利,尝试切换算法也是一种方法。
参考:Gaussian 官方 IRC 页面
在 Gaussian16 中,默认采用的是 EulerPC
,但也可选择 LQA
或 DVV
等方法。
另外,在 GRRM 中采用的是 Page 与 McIver 提出的方法(参考文献 1、2)。
指定 IOp(2/12=3)
也可能有所帮助。
8. 真的无法解决时
如果上述方法都尝试过仍失败,那就认命吧。
可考虑使用非量子化学(QM)方法来探索反应路径,比如分子动力学(MD)或弹性带方法(NEB)等。
也有可能是您当前的过渡态结构并非真正的过渡态,建议从 TS 搜索阶段重新进行。
有些论文中也会这样写(参考文献 3):
In nearly all of these cases, attempted IRC calculations only ran a few steps before stopping at spurious minima, behavior which we often experience when working with flat regions of potential energy surfaces.
在几乎所有这些情况下,尝试进行的 IRC 计算只运行了几步,就停在了虚假的最小值处,我们在处理势能表面的平坦区域时经常会遇到这种情况。
—— 来自:“Pentalenene formation mechanisms redux”
9. 仍不死心的人请看这招
通过全面计算绘制 PES(势能面)图,也是一种让人信服的方法。
可以编写脚本,使原子沿虚频方向移动,然后进行结构优化与频率计算,从而生成一张“看起来像”的 PES。
10. 博主的默认设定
笔者常用的 Gaussian keyword 设置如下:
#p B3LYP/6-31+G** int=(grid=ultrafine) scf=(maxcyc=300,direct,tight) irc=(lqa,forward,rcfc,noeig,maxcyc=30,maxpoints=30,stepsize=15) geom=check guess=read IOp(2/15=3) IOp(2/12=3)
重点在于使用 lqa
,以及指定了 IOp(2/15=3)
和 IOp(2/12=3)
。
如果您有更好的建议,也欢迎在评论区留言!
参考
- Page, M.; McIver, J. W. Jr. J. Chem. Phys. 1988, 88, 922–935. DOI: 10.1063/1.454172
- Page, M.; Doubleday, C. Jr.; McIver, J. W. Jr. J. Chem. Phys. 1990, 93, 5634–5642. DOI: 10.1063/1.459634
- Lodewyk, M. W.; Willenbring, D.; Tantillo, D. J. Org. Biomol. Chem. 2014, 12, 887–894.