【翻译】DFT计算无法正常进行时(错误信息举例)

在Gaussian中,当计算未正常结束时,总会在文件的后面部分指出计算停止的原因。

通过搜索这些错误信息,可以找到一些高级用户向初学者分享的解决方法,这些讨论通常会出现在一些讨论平台上,比如:

CCL.net是指名为Computational Chemistry List的计算化学主题的论坛(英语),该列表已成为计算化学领域研究人员和教育工作者的电子论坛。该平台主持有关计算化学各个方面的讨论,包括资源、软件和工作机会的共享。用户可以通过该平台发布文件、参与讨论并访问各种科学工具和档案。该网站还提供与计算化学有关的软件档案、数据和文件集等资源。它还提供该领域的会议和工作机会信息。

如果认真阅读这些讨论,很多问题往往能得到解决。

不过,查找解决方案确实有些麻烦,对吧?(也许这篇文章也能帮到你)

在本页面中,我将汇总一些我遇到的计算问题,并提供已经解决的错误和方法,甚至会包括一些简单的错误,希望对大家有所帮助。

错误信息1:IPrune out of range in DecPrn

Error termination via Lnk1e in /usr/local/gaussian09d01/g09/l302.exe

这是指输入文件中的错误信息。在这种情况下,出现了两个相同的关键字,导致了错误。

错误信息2:关于自由基分子中的电子自旋与核自旋的相互作用

如果想了解自由基分子中电子自旋与各原子核自旋的相互作用,可以查看Isotropic Fermi ContactAnisotropic 等相关部分。如果计算正确,这个数值会与EPR测量得到的耦合常数非常吻合。

通常情况下,计算结果会自动输出这些信息,但如果分子超过100个原子,这部分信息可能会被省略。此时,可以在计算的根部分(例如指定泛函的行)中加入 Iop(6/82=1) 来解决这个问题。

参考:https://server.ccl.net//chemistry/resources/messages/2008/03/10.002-dir/

错误信息3:优化失败—原子排列成直线

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Bend failed for angle 39 - 40 - 92
Tors failed for dihedral 34 - 39 - 40 - 92
Tors failed for dihedral 41 - 39 - 40 - 92
Tors failed for dihedral 42 - 39 - 40 - 92
Tors failed for dihedral 39 - 40 - 92 - 88
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/gaussian09d01/g09/l103.exe

这是一个经典的错误信息,通常是由于原子排列成直线时计算停止。此时,某些原子间的角度可能会接近180°,例如39-40-92这三个原子的角度为180°。

解决方法是稍微调整坐标,例如将92号原子的X坐标移动0.01 Å。

2023年5月追记

Gaussian在处理XYZ坐标(笛卡尔坐标)时,会将其转换为Z-matrix坐标系进行计算,这样可以减少计算量。如果手动输入Z-matrix坐标系,可能也能解决这个问题。

在GaussView中保存输入文件时,取消选中write cartesian选项,可以确保坐标以Z-matrix形式保存(如图1所示)。如果坐标没有问题,计算就不会中断。

图1图1

如果希望事先检查哪些原子组合可能导致角度为180°,可以使用GaussView的atom list editor功能进行检查和修改(如图2所示)。

图2图2

通过这些错误信息和解决方法,您可以更有效地排查Gaussian计算中的问题,特别是在进行DFT计算时。

原文地址:https://s.20140219.xyz/s/2O9S25

最后修改于:2025年04月12日 16:14

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