【翻译】量子化学计算中使用的基函数的种类、选择方法及注意事项

前言

在量子化学计算中,通常会在输入文件(input file)的关键词区域指定所采用的计算水平。

诸如 B3LYP/6-31G(d)、MP2/6-31+G(d,p) 之类的表达方式,在论文中也经常可以看到。根据所研究体系的不同,选择合适的基组(基底函数,basis set)是非常关键的,因为这会对计算结果产生显著影响。

如果使用了不恰当的基组,计算结果可能会失去意义。此外,在投稿时可能会被审稿人指出问题,导致必须重新进行全部计算。

本文将总结如何选择最适合的基组。

基组的种类

基组大致可分为以下四类:

  • Pople 系(如 3-21G、6-31G 等)
  • Huzinaga-Dunning 系(如 D95、D95V 等)
  • Roos ANO 系(如 DZ-ANO、TZ-ANO 等)
  • Dunning cc-pVNZ 系(如 cc-pVDZ、cc-pVTZ、cc-pVQZ 等)

不同领域或学派对基组的使用偏好也有所不同,但最常见的是Pople 系。在计算速度方面,Pople 系也具有显著优势。

因此,本文将以Pople 系的基组为例进行说明。

如何选择基组

先说结论,进行计算时,建议优先使用 6-31G**。然后根据体系的特性进行如下调整:

  • 含阳离子时,添加一个星号 *(即使用 6-31G**)
  • 处理阴离子或激发态时,添加一个加号 +(即使用 6-31+G*)
  • 含氢化物时,添加两个加号 ++(即使用 6-31++G*)
[tips]阳离子 → 加 *;阴离子或激发态 → 加 +;含氢化物 → 加 ++[/tips]

如果希望进一步提升计算水平,可选用 triple zeta 等级的基组(如 6-311G)。
当与 ECP(有效核势)联用时,如果使用的是 double zeta,推荐使用 LANL2DZ;若是 triple zeta,则建议使用 SDD*,这样更易于保持一致性。

提升基组水平会显著增加计算成本,如下图所示。这需要结合所使用的计算资源和预期 wall time(墙钟时间)综合权衡。

特别是加入扩展函数(diffuse function)后,计算时间可能会急剧上升。

来源:http://www.wavefun.com/support/sp_compfaq/BasisSetFAQ.html

在 Gaussian 的输入文件中,书写 Pople 系基组时,可以使用简写替代方式:(d) 可用 / 表示,(d,p) 可用 ** 表示。例如,6-31G/ 实际等同于 6-31G(d,p)*

有些人可能会疑惑它们之间是否有差别,其实完全可以视为相同

唯一的例外是,当使用 3-21G3-21G(d) 计算含有亚砜(sulfoxide)或砜(sulfone)的体系时可能会有差异。不过,如今很少有人还使用 3-21 系,主流已经转向 6-31* 系,因此请记住:这两者可以视为没有区别!(出处: 《Introduction to Computational Chemistry》第三版,第201页)

原作者在写输入文件时通常使用 * 的形式,而在论文中则使用 (d)(d,p) 的形式进行描述。

基组过大可能导致错误

在进行 NBO(天然键轨道)计算等操作时,如果基组过大,可能会导致计算失败并报错。此时可以在 log 文件中搜索关键词 “primitive” 来确认所使用的基组规模。

例如:

307 basis functions,   498 primitive gaussians,   307 cartesian basis functions

这表示原始的 Gaussian 基函数有 498 个,压缩后的为 307 个。

根据原作者的经验,如果 Gaussian 原始基函数数量超过 500 个,可能会出现错误并中止计算。(但并非一定会出错)

此时可以通过降低基组等级来规避问题。

在 DFT 计算中,并非基组等级越高越好

关于这一点,可参考下文详解:

参考: 【翻译】B3LYP 的计算误差问题

举个例子,如果所使用的密度泛函(functional)本身对某反应倾向于高估,而所选基组又倾向于低估,两者误差相互抵消,最终结果反而接近真实值。如果这时再提升基组等级,导致无法抵消泛函的高估效应,计算精度反而会下降。

因此,在进行单点能(single point energy)计算时,一味追求高基组是没有意义的。正确做法是:通过基准测试等方式,选定最合适的基组才是关键。

从事 DFT 计算的读者,也建议同时阅读这篇:【翻译】如何选择密度泛函

warning:本文为日语文章的AI翻译版,原文地址:https://s.20140219.xyz/s/3a57HT

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