前言

发现课题中的溶剂在Q-Chem的Smx常见溶剂中不存在,于是使用solvent other的设置自定义溶剂。

查了一下中文网好像没有直接能查到的,所以简单写一下教程,或者说记录。

Q-Chem 自定义溶剂方法

首先需要确定一下版本,可以随便跑一个任务然后在out里面看一下版本号是不是<6.1。

当然你也可以直接翻bin文件或者问老板

【笔记】Q-Chem中自定义溶剂的方法

参考资料:

方法1(Q-Chem版本≥6.1)

此方法仅限Q-Chem版本≥6.1,任何6.1以下版本请参考方法2

Example 11.15 SMD model with a user-defined solvent.里面写了自定义溶剂的方法。

首先在明尼苏达溶剂描述符数据库找到需要的溶剂数据,然后将数据以下面输入文件$smx的一部分直接写入即可。

输入文件
$molecule
0 1
 H                  2.71396000    2.14798000   -1.51400700
 H                  2.19567500    2.74561400   -1.08146000
$end

$rem
JOBTYPE         SINGLE_POINT
METHOD          M11L 
BASIS           6-311+G**
ITHRSH          12
MEM_TOTAL       8000
MEM_STATIC      4000
MAX_SCF_CYCLES  300
!UNRESTRICTED    TRUE
!STABILITY_ANALYSIS    TRUE
!INTERNAL_STABILITY    TRUE
solvent_method  smd
$end

$plots
 grid_points 100 100 100
$end

$smx
solvent      other
epsilon      10.125
SolN      1.4448
SolA      0.10  ! could be omitted
SolB      0.11  ! could be omitted
SolG      45.86
SolC      0.000  ! could be omitted
SolH      0.500  ! could be omitted
$end

如果Q-Chem版本号<6.1,提交输入文件后会报错显示以下内容:

 Checking the input file for inconsistencies... 
     An unrecognized keyword "epsilon" was found in the $smx input section

经过检查发现上述自定义方法仅限Q-Chem新版,也就是6.1以上版本,所以需要换成另外一个方法。

方法2(Q-Chem版本<6.1)

因为我是用的这个版本所以我详细说一下,方法1我是按照方法2参考Manual改的。

首先我需要的溶剂是二氯乙烷DCE,默认的结构是1,2-二氯乙烷(1,2-dichloroethane)。而Q-Chem数据库收录的是1,1-二氯乙烷

【笔记】Q-Chem中自定义溶剂的方法

通过明尼苏达溶剂描述符数据库查阅发现可以找到如下:

【笔记】Q-Chem中自定义溶剂的方法

建议各位使用数据库的时候也可以参考我的做法,在PDF上直接备注参数对应的字符。

Dielec和epsilon是可以完全互换的。

在输入文件夹新建一个无后缀名文件solvent_data,然后按照Dielec-SolN-SolA-SolB-SolG-SolC-SolH的顺序直接将数据列在这个文件中(其实和方法1的异曲同工?):

10.125
1.4448
0.10
0.11
45.86
0.0
0.5

然后投数据之前,确保solvent_data和输入文件input.in在一块就行,会被正常调用的。

【笔记】Q-Chem中自定义溶剂的方法

可以看到确实能够输出了:

【笔记】Q-Chem中自定义溶剂的方法

所以我现在有点明白为什么6.1以后的版本可以在输入文件里面直接套自定义溶剂参数了……这要是做溶剂化相关的benchmark需要不停的删传solvent_data文件,无疑加大了工作量。