前言
发现课题中的溶剂在Q-Chem的Smx
常见溶剂中不存在,于是使用solvent other
的设置自定义溶剂。
查了一下中文网好像没有直接能查到的,所以简单写一下教程,或者说记录。
Q-Chem 自定义溶剂方法
首先需要确定一下版本,可以随便跑一个任务然后在out里面看一下版本号是不是<6.1。
当然你也可以直接翻bin文件或者问老板
参考资料:
方法1(Q-Chem版本≥6.1)
在Example 11.15 SMD model with a user-defined solvent.
里面写了自定义溶剂的方法。
首先在明尼苏达溶剂描述符数据库找到需要的溶剂数据,然后将数据以下面输入文件$smx
的一部分直接写入即可。
$molecule
0 1
H 2.71396000 2.14798000 -1.51400700
H 2.19567500 2.74561400 -1.08146000
$end
$rem
JOBTYPE SINGLE_POINT
METHOD M11L
BASIS 6-311+G**
ITHRSH 12
MEM_TOTAL 8000
MEM_STATIC 4000
MAX_SCF_CYCLES 300
!UNRESTRICTED TRUE
!STABILITY_ANALYSIS TRUE
!INTERNAL_STABILITY TRUE
solvent_method smd
$end
$plots
grid_points 100 100 100
$end
$smx
solvent other
epsilon 10.125
SolN 1.4448
SolA 0.10 ! could be omitted
SolB 0.11 ! could be omitted
SolG 45.86
SolC 0.000 ! could be omitted
SolH 0.500 ! could be omitted
$end
如果Q-Chem版本号<6.1,提交输入文件后会报错显示以下内容:
Checking the input file for inconsistencies...
An unrecognized keyword "epsilon" was found in the $smx input section
经过检查发现上述自定义方法仅限Q-Chem新版,也就是6.1以上版本,所以需要换成另外一个方法。
方法2(Q-Chem版本<6.1)
因为我是用的这个版本所以我详细说一下,方法1我是按照方法2参考Manual改的。
首先我需要的溶剂是二氯乙烷DCE,默认的结构是1,2-二氯乙烷(1,2-dichloroethane)。而Q-Chem数据库收录的是1,1-二氯乙烷:
通过明尼苏达溶剂描述符数据库查阅发现可以找到如下:
建议各位使用数据库的时候也可以参考我的做法,在PDF上直接备注参数对应的字符。
在输入文件夹新建一个无后缀名文件solvent_data
,然后按照Dielec-SolN-SolA-SolB-SolG-SolC-SolH
的顺序直接将数据列在这个文件中(其实和方法1的异曲同工?):
10.125
1.4448
0.10
0.11
45.86
0.0
0.5
然后投数据之前,确保solvent_data
和输入文件input.in
在一块就行,会被正常调用的。
可以看到确实能够输出了:
所以我现在有点明白为什么6.1以后的版本可以在输入文件里面直接套自定义溶剂参数了……这要是做溶剂化相关的benchmark需要不停的删传solvent_data
文件,无疑加大了工作量。