【摘抄】用高斯做势能面扫描(一):刚性扫描

背景介绍

势能面扫描可用于研究一个区域内的势能面,通常是在不同结构上执行一系列的单点能计算,得到能量或其他性质随几何结构变化的情况。势能面扫描分以下两种类型:

刚性扫描 (rigid scan)

只改变被扫描的变量,而分子内其他变量固定不变,对分子进行一系列的单点能计算。

柔性扫描 (relaxed scan)

改变被扫描的变量,在每个结构处固定当前变量,并优化分子结构(实际是一个限制性优化)。

本篇先介绍刚性扫描的做法。刚性扫描使用scan关键词,与一般计算不同的是必须使用内坐标 (internal coordinate) 或称Z-matrix来描述分子结构。首先介绍一下内坐标的书写方法。

【摘抄】用高斯做势能面扫描(二):柔性扫描

柔性扫描简介

势能面扫描可以用来研究势能随少数几个坐标变化的情况,分为刚性扫描和柔性扫描两种。刚性扫描是指被扫描的坐标变化后,不改变未被扫描的坐标,相当于做一系列单点能计算。对于刚性扫描,本公众号之前已经有过介绍,见《用高斯做势能面扫描(一):刚性扫描》。

柔性扫描是指被扫描的坐标变化后,固定被扫描的坐标优化分子结构,相当于做一系列限制性优化。刚性扫描所需的计算资源更少,但是由于刚性扫描只考虑了一个自由度,其计算结果对势能面的描述不如柔性扫描更真实。

【摘抄】借助势能面扫描寻找过渡态两例

前言

寻找过渡态是研究化学反应机理中至关重要的步骤,但实际研究中,找过渡态往往不是一帆风顺。过渡态的结构优化对初始猜测十分敏感。过渡态是势能面上的一阶鞍点,是反应路径上的能量极大值点。而势能面扫描则是研究体系的能量随某结构参数变化的情况。因此,根据猜测的过渡态的结构变化模式,可以借助势能面扫描寻找一个能量高点,这个结构往往是过渡态的一个非常好的初始猜测。本文以 J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 8251−8258 一文 Figure 10 中的两个过渡态的寻找为例,说明如何借助势能面扫描来寻找过渡态。所有的计算使用 Gaussian 16 C.01 完成。

【杂谈】从《天使街23号》回想的中学时代的ACG爱好

不知道是过了年龄段了还是什么问题, 那些我以前魂牵梦萦的小说买回到手以后再看,真的很尬。另外,回想一下我曾经热爱的小说和漫画现在都去了哪里。本篇的语言会非常杂乱无章,请谅解。

前言

当我回想起《天使街23号》和《麻雀要革命》时,我似乎才发现我已经忘了是什么时候看过它们。

现在翻出来看了一下背后的出版时间:2006年。

【杂评】从图鉴党角度评测三个不同三国主题手游玩下来的感受

前言

诸葛果部分的衍生企划。

主要是针对三个看上去来自一类国产手游模板的游戏:

《少年三国志2》(日服《三国志ブラスト》)

《三国志幻想大陆》(日服内测2次 未公测)

《三国杀名将传》(日服《三国志名将传》)

三个游戏同样都是滚服类的卡牌RPG,也同样都是基本上一样的要素,但是针对角色收集和养成还是有一些明显的区别的。

下面针对三个手游在收集和玩法方面做一个无聊的评测。